I bunden af en 2,4 sømil lange fjord ligger Skælskør Lystbådehavn. Fjorden har direkte ind- og udsejling til Storebælt.
Den charmerende havn midt i byen byder på gamle bevaringsværdige huse og et skønt by- og havnemiljø. Skælskør Bådelaug stiller gerne sejlerstuen til rådighed for havnens gæster.
